UFRGS homenageia servidores e alunos premiados

Na tarde da última quarta-feira (24/08/2011) foi realizada uma cerimônia em homenagem e reconhecimento aos professores, técnico-administrativos e alunos da Universidade que receberam prêmios externos à UFRGS nos anos de 2008, 2009 e 2010. O reitor Carlos Alexandre Netto e o vice-reitor Rui Vicente Oppermann entregaram os certificados aos homenageados que obtiveram destaque em suas pesquisas e atividades acadêmicas, artísticas, esportivas e culturais, somando mais de 200 distinções neste período de três anos. O Dr. Gustavo Fioravanti Vieira foi um dos homenageados, tendo em vista a seleção de seu projeto "Large-Scale MHC:Epitope Analysis for Vaccine Development" no segundo round  do "Grand Challenges Explorations” (GCE), da fundação Bill & Melinda Gates.

Ao afirmar que o destaque acadêmico é um mérito pessoal, Carlos Alexandre Netto salientou que a UFRGS também tem seu papel nestas conquistas, por promover um ambiente de pesquisa e de inovação e por oferecer a infraestrutura e as condições necessárias. O diretor do Instituto de Informática da UFRGS, Flávio Wagner, falou em nome dos homenageados e salientou que o reconhecimento obtido com os prêmios traz não só a marca da excelência, mas também da relevância destes trabalhos, reconhecida pela sociedade.

Fonte: www.ufrgs.br/ufrgs

Curso de Informática aplicada à Biologia - PET Biologia (PUCRS)

O Programa de Educação Tutorial (PET) da Biologia da PUC está divulgando o curso "Informática aplicada à Biologia e ao Planejamento de Fármacos", a ser realizado entre os dias 22/08 e 02/09. O evento proporcionará aos alunos a possibilidade de conhecer algumas aplicações da bioinformática, sobretudo no que diz respeito a simulação e análise de dados estruturais. Serão abordados tópicos como modelagem comparativa, ancoramento molecular (docking), triagem virtual (virtual screening), dinâmica molecular e planejamento racional de fármacos.
A aplicação de ferramentas de bioinformática à imunologia também será abordada durante o curso, em palestras ministradas por integrantes do NBLI:

• Dia 29/08 - Aplicação da bioinformática à vacinologia - Dinler Amaral Antunes.
• Dia 31/08 - Modelagem molecular comparativa aplicada à imunoinformática - Danieli Forgiarini Figueiredo.
• Dia 31/08 - Bioinformática aplicada à imunologia: um enfoque estrutural - Maurício Menegatti Rigo.
• Dia 01/09 - Insights sobre a imunogenicidade de epitopos virais através da bioinformática estrutural - Gustavo Fioravanti Vieira.

Veja a programação completa (programação sujeita a alterações).
Maiores informações no Link.

CrossTope: Um banco estrutural para o estudo de reatividade cruzada

O “Grand Challenges Explorations” (GCE) é uma iniciativa da fundação Bill & Melinda Gates, com o ousado objetivo de financiar pesquisas inovadoras em "saúde global". O primeiro round da iniciativa selecionou 105 grupos, os quais receberam U$ 100.000 dólares para desenvolver seus projetos. Nesta ocasião, nenhum grupo sul americano foi selecionado.

Em 2009, o segundo round do GCE selecionou 81 novos projetos, dentre os quais dois grupos brasileiros foram contemplados: o Laboratorio de Imunologia Molecular-IBCCF-UFRJ, coordenado pelo professor Dr. Júlio Scharfstein, e o Núcleo de Bioinformática do Laboratório de Imunogenética (NBLI) - UFRGS, coordenado pelo Dr. Gustavo Fioravanti Vieira. O projeto proposto pelo NBLI intitulava-se "Large-Scale MHC:Epitope Analysis for Vaccine Development", tendo por objetivo a construção de um banco de dados com estruturas inéditas de complexos peptídeo:MHC (ou pMHC).  Estes complexos pMHC representam uma etapa crítica na montagem da resposta imune celular, com destaque  no controle de infecções virais e a análise destas estruturas apresenta potencial aplicação no desenvolvimento de vacinas de amplo espectro. No entanto, dificuldades técnicas combinadas a grande variabilidade dos MHCs, limitam a obtenção destas estrutras. Só em humanos já foram descritos mais de 4500 diferentes alelos de MHC, cada um dos quais podendo apresentar inúmeros peptídeos. Em contra partida, o principal banco de dados contendo estruturas proteicas (Protein Data Bank - PDB) possui menos de 400 estruturas de complexos pMHC.

O NBLI desenvolveu uma metodologia computacional para obter estruturas de complexos ainda não determinados[1], a qual foi aplicada na construção do CrossTope Data Bank (banco de dados que resultou do projeto financiado pelo GCE). Este banco já conta com cerca de 200 estruturas, apresentando em sua maioria peptídeos virais no contexto de quatro alelos de MHC (2 humanos e 2 de camundongo). O banco permite realizar buscas pela sequência do peptídeo, pelo nome da proteína ou do vírus, e pelo alelo de MHC. Cada entrada fornece dados completos sobre o complexo, bem como links diretos para outros bancos. É fornecida ainda a estrutura da proteína e o mapa da distribuição de cargas na superfície de interação com o linfócito (visualização direta ou download). Em uma análise inicial, dados da superfície de 45 complexos do banco foram utilizados para identificar um possível alvo de resposta cruzada entre HCV e HIV [2]. Demais dados sobre a construção deste banco e suas possíveis aplicações estão sendo agora reunidos para a publicação na forma de um artigo científico.

PPGC oferece cadeira de Tópicos em Bioinformática

O Programa de Pós-Graduação em Computação (PPGC/UFRGS) oferecerá neste semestre, em caráter especial, a disciplina de "Tópicos Especiais em Computação LXIX - Algoritmos em Bioinformática" (CMP569). A disciplina, sob responsabilidade dos professores Ronnie Alves e Ana Bazzan, tem por objetivo apresentar aos alunos os mais diversos problemas e técnicas de projeto de algoritmos para a análise de dados bioquímicos, com ênfase nas soluções algorítmicas existentes para lidar com dados genômicos, proteômicos e transcriptômicos. A idéia é introduzir complexidade tanto biológica quanto computacional para os mais variados problemas encontrados na Bioinformática, apresentando eventualmente exemplos que utilizem as linguagens de programação Perl, Python e R.

Esta é uma excelente iniciativa dos professores do PPGC no sentido de promover a formação de profissionais com uma visão multidisciplinar, com capacidade de transitar entre os campos da biologia e da informática, analisando problemas e desenvolvendo soluções que possam ser aplicadas tanto na pesquisa quanto na indústria de biotecnologia.

As aulas da disciplina CMP569 terão início no dia 15/08/2010 e o programa completo  pode ser conferido no site do PPGC (siga o Link).

Linha de pesquisa do grupo é apresentada no CBiot

O Dr. Gustavo Fioravanti Vieira foi convidado a realizar uma palestra no "Seminário Regular do CBiot". A palestra, intitulada "Desvendando os mecanismos que regem a imunogenicidade - uma abordagem de imunoinformática!", deverá apresentar as linhas de pesquisa do grupo e os principais desafios enfrentados no campo da imunoinformática.

A palestra ocorrerá na manhã de hoje (11h), no Anfiteatro do CBiot.