Foi disponibilizado nesta semana no PubMed o artigo do banco de dados CrossTope. O trabalho foi publicado na Revista Database (Oxford Journals), podendo ser acessado na íntegra de forma gratuita. Este artigo oficializa a existência do banco de dados que é o principal resultado do projeto financiado pela Fundação Bill & Melinda Gates, conforme apresentado em uma postagem anterior deste blog. O site do repositório está online desde 2010, permitindo acesso a imagens de topologia e distribuição de cargas, manipulação e download de estruturas no formato PDB, bem como a comparação online de complexos pMHC. Também são fornecidos links para outros bancos, contendo informações completas sobre o peptídeo e sobre o alelo de MHC envolvidos em cada complexo. A imagem acima apresenta o logo original do banco, que foi posteriormente modificado para a versão online.
O artigo retoma o processo de montagem de complexos segundo a técnica desenvolvida pelo NBLI (D1-EM-D2), a qual é apresentada de forma simplificada na Figura 1 do paper. Esta metodologia é utilizada para a inclusão no banco de complexos pMHC que ainda não possuem uma estrutura tridimensional determinada por Cristalografia de Raio-X ou Ressonância Magnética Nuclear. O trabalho descreve ainda os critérios de inclusão de complexos no banco e todos os passos da curagem da informação que será disponibilizada (Figura 3 do artigo).
O grupo trabalha agora no desenvolvimento de ferramentas que serão posteriormente incluídas no site do Crosstope, permitindo a montagem e a análise de complexos de forma simples, rápida e automatizada.
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