UFRGS terá centro integrado de TI

Em sua última edição, o Jornal da Universidade anuncia que já está no ar o site do Centro Integrado de Tecnologia da Informação (CITI - www.ufrgs.br/citi). O projeto, cuja pedra fundamental foi lançada em 13/08/2012, unificará as estruturas de informática do Centro de Processamento de Dados da UFRGS (CPD), do Centro Nacional de Supercomputação (CESUP) e da Coordenadoria de Gestão de Tecnologia da Informação do Hospital de Clínicas (CGTI). Segundo a diretora do CESUP, Denise Grüne Ewald, "em termos de instituições federais de ensino superior, não existe outro centro com a capacidade do CITI". A nova edificação vai ampliar a capacidade de processamento e armazenamento de informações necessárias à demanda permanente da Universidade. O prédio de 6.811 metros quadrados e com seis andares tem previsão de entrega para 2014, oupando uma área entre o HCPA e o CPD.

 

O Centro Integrado visa a otimizar recursos, com o compartilhamento das estruturas de administração, manutenção e segurança. Além disso, o prédio contará com automação em portas, elevadores e iluminação, e os sistemas de alimentação elétrica e conexões de rede serão completamente duplicados, para garantir o funcionamento ininterrupto.  

O prédio também terá paredes externas duplas, isolamento com cerâmica no 6º pavimento (datacenter), reaproveitamento de água da chuva para sanitários e jardins, tratamento econômico (filtragem e ionização) da água para refrigeração, controle de umidade econômico (fancoil dedicado), freecooling (desligamento da refrigeração com temperaturas externas abaixo de 20º), células solares para geração de 4.680 Watts, sistemas UPS (nobreaks) com eficiência de 97% e cabeamentos e arquitetura de racks com materiais econômicos e que otimizam o gerenciamento térmico.

Quando concluído o CITI irá abrigar os serviços informatizados de ensino, pesquisa, extensão e administração da UFRGS; o fluxo de informações administrativas e médicas do HCPA; um dos principais pontos de conexão de internet da cidade; e a infraestrutura de processamento de alto desempenho (supercomputador) da UFRGS, utilizada por pesquisadores de todo o país.

Fontes:
Jornal da Universidade - Ano XVI - Número 153
Datacenter Dynamics, por Tiago Falqueiro
CITI - www.ufrgs.br/citi

NBLI marca presença no Congresso Europeu de Imunologia!!

O professor Dr. Gustavo Fioravanti Vieira e o aluno de doutorado Dinler Amaral Antunes representaram o NBLI no European Congress of Immunology (ECI), evento que ocorreu em Glasgow (Escócia), entre os dias 5 e 8 de Setembro de 2012. O evento,  organizado pela  British Society for Immunology (BSI) sob tutela da European Federation of Immunology Societies (EFIS), reuniu mais de 5000 imunologistas - o maior encontro de imunologistas da Europa. Foram ao todo 24 simpósios e 72 workshops, distribuídos em quatro grupos de acordo com o enfoque imunológico: Imunidade Inata, Imunidade Adaptativa, Doenças do Sistema Imune e Intervenções Imunológicas.

Dois trabalhos do grupo foram apresentados na forma de pôster: "Cross Reactivity Prediction Based on Hierarchical Clustering of pMHC complexes" (E) e "CrossTope: acurate repository of three-dimensional structures of MHC:epitope complexes" (D). Esta foi a primeira vez que o banco de dados CrossTope é apresentado em um congresso. A versão completa deste trabalho foi recentemente aceita para publicação na revista Database (Oxford). 

 Dentre os vários palestrantes com projeção internacional no campo da imunologia e da vacinologia, destacamos aqui a presença do pesquisador italiano Rino Rappuoli, um dos precursores da utilização da bioinformática e da informação genômica como ponto de partida para o desenvolvimento de novas vacinas, processo que ele batizou como "Vacinologia Reversa" (Rappuoli R, 2000). O primeiro alvo desta nova abordagem foi a bactéria Neisseria meningitides subtipo B, para a qual não havia vacina e cujo genoma ainda não era conhecido em 1997. Para obter o genoma do patógeno, Rappuoli contatou o pesquisador Craig Venter, que na época chefiava o The Institute for Genomic Research (TIGR). Venter havia coordenado o sequenciamento do genoma de Haemophilus influenzae e aceitou este novo desafio. Esta parceria permitiu a identificação de cinco antígenos que, em combinação com o uso de hidróxido de alumínio (adjuvante), conferem imunidade a 78% dos camundongos quando desafiados com 85 cepas do subtipo B de diferentes regiões do mundo. A Novartis está trabalhando no desenvolvimento da vacina para humanos, 4CMenB, com a qual também tem obtido bons resultados, segundo recente publicação na revista Lancet (Santolaya ME et. al, 2012).

Dinler Antunes, Rino Rappuoli e Gustavo Vieira, 

após palestra de Rappuoli na sessão "Vacinas para o Século 21" 

(ECI-2012).

Curso de Bioinformática Estrutural Básica - CANCELADO

O Campus Universitário da Região dos Vinhedos (CARVI) da Universidade de Caxias do Sul (UCS) promoverá entre os dias 22 e 29 de Setembro de 2012 o Curso de Bioinformática Estrutural Básica. O curso será ministrado pelos PhDs Gustavo Fioravanti Vieira e Marialva Sinigaglia, do Núcleo de Bionformática do Laboratório de Imunogenética (PPGBM/UFRGS). A carga horária total será de 14 horas e as aulas ocorrerão aos sábados, das 8h às 11h30 e das 14h às 17h30. As vagas são limitadas e as inscrições estarão disponíveis até completar-se o número de vagas previstas (25), havendo ainda uma lista de espera para os demais candidatos.

Confira o programa do curso:

Bancos de dados biológicos - Enfoque nos principais bancos de dados utilizados para a modelagem de proteínas.
Alinhamento de sequencias de proteínas - Conhecimentos básicos de matrizes de alinhamento e alinhamento local e global utilizando programas como BLAST e T-coffee;
Visualização de macromoléculas utilizando o Chimera - Aprender a utilizar um software de visualização de moléculas 3D. O software Chimera permite a visualização e análise de estruturas moleculares. Imagens de alta qualidade e animações serão produzidas com o material gerado durante o curso.
Modelagem molecular por homologia - Construção de um modelo tridimensional de uma proteína que ainda não possui cristal, utilizando-se o software HHPRED.
Visualização e avaliação dos modelos gerados - Utilizando os softwares CHIMERA, PDBSUM e VERIFY 3D, os modelos serão validados quanto às suas características estereoquímicas e energéticas.

Para maiores informações, confira a página de divulgação do curso: UCS/Agenda.

NOTA: O Curso de Bioinformática Estrutural que seria oferecido no CARVI foi cancelado em função do pequeno número de alunos inscritos.

Bioinformática Estrutural na ABC!

Em cerimônia realizada hoje (01/08/2012) no Salão do Departamento de Genética do Instituto de Biociências (UFRGS), a Academia Brasileira de Ciências (ABC) apresentou seus novos membros afiliados. Um dos jovens pesquisadores diplomados na ocasião foi o Prof. Dr. Hugo Verli, coordenador do Grupo de Bioinformática Estrutural do Centro de Biotecnologia da UFRGS (CBiot/UFRGS). Em sua palestra, o Dr. Verli salientou a importância do estudo da estrutura tridimensional das macromoléculas biológicas, com ênfase na análise de glicoproteínas. O Grupo de Bioinformática Estrutural tem se destacado no campo da dinâmica molecular de estruturas glicosiladas, com vários artigos publicados em importantes revistas internacionais.

Veja a lista dos novos diplomados na região sul e o título de suas apresentações:

Paulo Schneider – Compostos derivados de calcogênio: síntese e aplicações. 

Hugo Verli – Estrutura, conformação e função de macromoléculas biológicas. 

Monica R.M.R. Vianna – Alterações sinápticas, aprendizagem e neurodegeneração em animais experimentais.

Juliano Ferreira – Mecanismos bioquímicos e moleculares na dor aguda e crônica. 

Adeney F. Bueno – Manejo integrado de pragas através do controle biológico.

Estão abertas as inscrições para a 6ª Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos (VI EMMSB), organizado pelo Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC). A escola, que ocorre a cada dois anos, traz uma programação repleta de ótimas palestras e minicursos práticos.

Minicursos Práticos:

• Dinâmica Molecular Básica (Programa NAMD)
• Métodos de Docking Receptor-Ligante (Programa DockThor)
• Predição de Estruturas de Proteínas: Modelagem Comparativa e Predição de Estruturas de Proteínas: Ab initio
• Cálculos de Estrutura Eletrônica em Biomoléculas
• Simulação de Proteínas em Biomembranas
• Métodos Híbridos QM/MM 

O prazo para inscrição e submissão de trabalho é 01 de Julho de 2012. Devido ao limitado número de vagas, os inscritos passarão por um processo de seleção, cujo resultado será divulgado no dia 06 de Julho de 2012.

Confira a programação completa na página do evento!

NBLI conquista destaque no ISCB

O Núcleo de Bioinformática do Laboratório de Imunogenética marcou presença no ISCB-Latin America (The second International Society for Computational Biology Latin American regional meeting) e o trabalho "Hierarchical Clustering of pMHC Complexes Based on the Electrostatic Potential of the TCR-Interacting Surface", apresentado pelo doutorando Dinler Amaral Antunes, recebeu o certificado de melhor pôster na sessão Biomedicina e Imunoinformática.

Premiação dos trabalhos selecionados no ISCB-2012. Além dos premiados, estão presentes na foto o professor Francisco Melo (Conference Chair, Pontificia Universidad Católica de Chile) (D) e o presidente do ISCB, Burkhard Rost (segundo da esquerda para a direita).

Além da apresentação de trabalhos e da participação em tutoriais e palestras, o grupo também aproveitou para estabelecer contato com importantes pesquisadores da área, como o professor Alessandro Sette (abaixo, centro), do La Jolla Institute for Allergy and Immunology (LIAI, Califórnia/EUA).

Maurício Menegatti Rigo (E), Alessandro Sette (C) 

e Dinler Amaral Antunes (D).

A participação dos alunos Dinler Amaral Antunes e Maurício Menegatti Rigo no ISCB-LA foi viabilizada por um auxílio financeiro fornecido pelo Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (PPGBM/UFRGS).

Prorrogado o prazo para submissão de trabalhos ao BSB

Foram prorrogados os prazos para submissão de artigos ao BSB 2012 (Brazilian Symposium on Bioinformatics), a realizar-se em Campo Grande (MS), entre os dias 13 e 17 de Agosto. O evento é organizado pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e, desde 2005, tem seus anais publicados na Lecture Notes in Bioinformatics, da Springer. 

Os novos prazos são:

Até dia 26 de Março para submissão de trabalhos completos (6 a 12 páginas, com apresentação oral);

Até dia 25 de Junho para submissão de short papers (6 páginas, apresentação de pôster). 

Concomitantemente, também ocorre a V Escola Brasileira de Bioinformática, com quatro cursos cujos temas ainda estão sendo definidos. O primeiro a ser divulgado intitula-se "Ferramentas de bioinformática para sequenciamento de alto desempenho", a ser ministrado pela  Dra. Tainá Raiol (UNB).   

Maiores informações podem ser encontradas na página do evento.

BSB 2012

Estão abertas as inscrições para o BSB 2012 (Brazilian Symposium on Bioinformatics), a realizar-se em Campo Grande (MS), entre os dias 13 e 17 de Agosto. O evento é organizado pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e, desde 2005, tem seus anais publicados na Lecture Notes in Bioinformatics, da Springer. 

O BSB aceitará submissões de trabalhos completos (6 a 12 páginas, com apresentação oral) e de short papers (6 páginas, apresentação de pôster). O prazo para as submissões encerra-se no dia 19/03/2012.

Concomitantemente, também ocorre a V Escola Brasileira de Bioinformática, com quatro cursos cujos temas ainda estão sendo definidos. O primeiro a ser divulgado intitula-se "Ferramentas de bioinformática para sequenciamento de alto desempenho", a ser ministrado pela  Dra. Tainá Raiol (UNB).   

Maiores informações podem ser encontradas na página do evento.

XLI Reunião Anual da SBBq

Foi prorrogado até dia 08/02/2012 o prazo para submissão de resumos para a XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq. O evento ocorrerá entre os dias 19 e 22 de maio deste ano no centro de convenções do Rafain Palace Hotel, em Foz do Iguaçu (PR).

Podem se inscrever no evento membros associados da SBBq, pesquisadores não-sócios, estudantes de pós-graduação e de iniciação científica. Pesquisadores não membros da SBBq não podem levar seus alunos.

Maiores informações podem ser encontrados na página do evento.